노무현정부시절인 2004년 남북장성급 회담 때 NSC사무차장 이종석(52)씨가 우리측 대표단에 북한의 대남공작용어인 '지령'이란 말을 써가며 '북의 요구를 모두 들어주라"고 지시한 사실이 드러나자 이씨의 정체를 둘러싸고 논란이 증폭되고있다. '지령'이란 용어는 북이 대남공작원들에게 작전지시를 할때나 쓰는 말로 어지간해서는 우리사회에서 쓰지않는다. 이씨의 '지령'에 따라 군은 어쩌지 못하고 대북 심리전을 접어야했다. 2002-2005년 합동참모본부 민사심리전 참모부장으로 군의 대북 심리전을 총괄했던 변상복 예비역 육군 소장은 최근 언론과의 인터뷰에서 "당시 이종석 NSC사무차장이 회담종료직전 우리 협상단의 반발을 눌러가며 '북의 요구를 들어주라'고 지령을 내렸다"고 밝혔다고 동아일보가 보도했다. 변 예비역 소장은 "이종석 차장은 우리측 대표인 박모 해군제독이 북의 요구를 못받겠다고 했지만 '지령'이라며 '북의 요구사항을 모두 받아들이라는 청와대의 뜻을 따르라'고 지시했다고 폭로했다. 당시 청와대는 협상 상황을 실시간 모니터링하고있었고 협상 막바지에 전화를 걸어 '북의 요구를 모두 받아들이라'고 지시했다는 것이다. 박 제독이 반대하자 이 차장이 '지령'이라며 청와대 뜻을 전달했다는 것이다. 이같은 내용이 뒤늦게나마 드러나자 시민들은 "어떻게 안보관련고위 관리와 청와대 관리들이 간첩용어를 써가며 군을 압박할 수있나"라며 "너무나 엄청난 일이다. 이 차장은 물론 당시 청와대 관계자들도 모두 조사를 해야한다"고 주장했다. 이 차장은 이외에도 노무현 정권 출범 초 북한 인권의 참상 등 강도높은 심리전을 진행하던 변 예비역 소장에게 "그러지 말라'고 말한 사실도 드러나 사실 확인을 위해서도 이 차장에 대한 조사가 불가피한 실정이다. 이종석씨는 경기도 남양주 출신으로 노무현 정부에서 통일부 장관도 지냈다. 그는 1977년 서울 용산고를 졸업하고 성균관대학교 행정학과에 입학하면서 여 학생운동을 벌였다. 1984년 성균관대학교 행정학과를 졸업하고 곧바로 같은 학교 대학원 정치외교학과에 들어가 여기서 조선민주주의인민공화국에 관심을 가지게 되었다고 한다. 북한의 있는 그대로를 알자고 주장하는 "독립문연구회"의 일원이 되어 주체사상, 김일성, 북한의 혁명사 등을 연구했다는 것이다. 2000년 남북정상회담 때는 김대중 대통령 특별수행원 자격으로 평양을 방문했다.