코스콤 노동조합이 7일 성명서를 통해 "증권시장관련 4대 기능 중 전산 기능만이 원안대로 이행되지 않은 채, 정부정책에서 밝힌전산기능 통합의 유일한 주체인 코스콤이 아닌 KRX(한국증권선물거래소) 주도의 IT통합이 파행적으로 추진되고 있다"며 반발했다. 또한 코스콤 측은 "KRX는 IPO 과정에서 자발적인 수익을 창출해야 함에도 불구하고 코스콤 고유사업을 협박해 탈취하려 하고 있다"고 말했다. 코스콤 노동조합은 KRX 중심의 IT통합의 부당성을 알리기 위해 6개월간의 투쟁을 벌이고 있다. 코스콤 측은 "IT통합은 정부의 증권선물 선진화 계획에 의해 정당하게 주체가 코스콤으로 명시되어 있는 사업으로 KRX의 불순한 의도로 쪼개져서 진행되는 IT통합은 결코 누구라도 용납할 수 없다"며 주장을 굽히지 않고 있다.