민자사업으로 건설한 고속도로 통행료가 국가재정고속도로보다 3배 가까운 통행료를 거둬들여 비난 받고 있다. 특히 잘못된 정책에 의한 비용 부담을 고스란히 국민에게 전가하는 게 아니냐는 지적도 일고 있다. 한나라당 김영선 의원은 인천공항고속도로를 비롯한 민자고속도로 4군데를 분석한 결과, 국가재정고속도로보다 최대 2.8배 이상 통행료를 받고 있다고 밝혔다. 이러한 통행료 차이의 원인은 국고지원 규모와 투자비 회수 기간, 세금의 차이 때문이며, 사업초기 잘못된 통행 수요 예측 때문이라고 김 의원은 설명했다. 게다가 민자고속도로를 운용하는데 정부가 2525억의 자금을 지원했기 때문에 기업의 수익과 손실을 정부가 책임지는 형태로 민간 기업에 간접적 특혜가 돌아가고 있다는 지적이다.